Los conflictos entre comunidades mapuches surgen en enero de 2017 por la apropiación de tierras por parte de otras comunidades. Precisamente el día 12 de enero, Gendarmería Nacional junto a la Policía provincial atacan la comunidad de Cushamen, donde estaba el Movimiento Autónomo de Puelmapu (MAP) que nuclea diferentes “Lof” (comunidades) de Chubut, Río Negro, Neuquén, La Pampa y Buenos Aires.

En el mes de julio, siguieron las protestas. El martes 1 de agosto, como es de público conocimiento, los mapuches protestaban en la ruta por el encarcelamiento de su líder, Facundo Jones Huala. El Jefe de gabinete del Ministerio de Seguridad, Pablo Noceti, reunidos con los líderes políticos de las provincias, dio la orden de detener a todos los manifestantes. Al quedar pocos en la ruta, Santiago Maldonado se suma a la protesta de los mapuches. Tal como lo relatan en el sitio web, se produce un violento operativo sobre la comunidad mapuche de Cushamen. El personal de Gendarmería dio rienda suelta a los disparos, primero en la ruta y luego en el territorio - al cual no tenían permiso de ingresar, como se supo luego de las declaraciones de algunos uniformados - donde comienza la persecución. Según los testimonios de personas que estaban en el lugar, los cuales han declarado como testigos con identidades reservadas, afirman que al joven de 28 años, que no pudo cruzar el río Chubut para huir de sus perseguidores, se lo llevan gendarmes de manera forzada, acreditando que tras golpearlo, lo suben a una camioneta.

El día viernes 4 de agosto, Sergio Maldonado, hermano de Santiago, asiste a la audiencia que se desarrolla en el Juzgado de Esquel, donde Gendarmería debía presentar un informe del operativo pedido por el juez. Ellos afirman no tener detenido a Santiago y se niegan a presentar los archivos solicitados. Desde ese momento, comienza a nivel nacional e internacional el pedido de aparición con vida de Santiago Maldonado, contando con el apoyo de Organización de Derechos Humanos.

En los días consiguientes, precisamente entre el 5 y el 7 de agosto, el personal de Prefectura Naval Argentina comienza a realizar rastrillajes en la zona del río Chubut. Sólo encuentran una boina, perteneciente a Maldonado. Los perros siguen el rastro hasta la vera del río, donde dejan de buscar. Debido a este suceso, el juez Guido Otranto declaró que no había pruebas suficientes de que el joven haya sido detenido por Gendarmería.

Teniendo una notable presencia en los medios, el 9 de agosto se quiere proceder al cambio de carátula del caso - hasta el momento tenido como “Desaparición forzosa de persona” a “Persona desaparecida” ofrecen una recompensa de $500.000 para quienes brinden información sobre Maldonado. Aquí es donde se produce una esfera de falacias por parte de muchos sectores sociales. Comienzan a llegar diferentes versiones: hay quienes dicen que Santiago está vivo, viajando por nuestro país, precisamente camino a la provincia de Entre Ríos. Otros que está encerrado en un calabozo, al cuidado de los gendarmes, por citar algunas. Estas falsas informaciones, además de dañar a la familia, provoca la distracción de miles de personas, que comienzan a dudar de la veracidad del pedido de la familia.

Luego de 78 días, de idas y vueltas, falsa información, conferencias de prensa por parte de los familiares y sus abogados, por parte de representantes del gobierno, incluida la Ministra de Seguridad de la Nación Patricia Bullrich, el martes 17 de octubre encuentran un cuerpo, a 400mts. del río. Desde un primer momento se sospecha que sea el de Santiago, debido a los ropajes que lleva. Antes de obtener la confirmación por parte de los familiares, se filtran fotos del cadáver. Aparece, después de tanto tiempo, una imagen tomada por Gendarmería donde se ve al joven huyendo de los gendarmes, cerca del río. Desde ese momento, crecen las sospechas de que el cuerpo fue implantado, idea que se tiene hasta la fecha.