La Universidad Nacional de Cuyo se creó el 21 de marzo de 1939 y el 16 de agosto del mismo año comenzaron oficialmente los cursos con una conferencia inaugural que dictó el historiador Ricardo Rojas.

En un principio, tuvo como misión ofrecer servicios educativos en la región de Cuyo, constituida por las provincias de Mendoza, San Juan y San Luis. En 1973, al crearse las Universidades Nacionales de San Luis y de San Juan sobre la base de las Facultades y Escuelas que tenían sede en esas provincias, la UNCuyo concentró su trabajo en los centros educacionales con sede en Mendoza, además del Instituto Balseiro, que funciona en la ciudad de Bariloche.

Actualmente, tiene 12 Facultades, el Instituto Balseiro, sedes del Instituto Tecnológico Universitario, el Instituto Universitario de Seguridad Pública y el Instituto Multidisciplinario. Además, presta servicios educativos de nivel primario en la Escuela Carmen Vera Arenas y de nivel medio en los colegios Universitario Central, Magisterio, Martín Zapata, Liceo Agrícola, Departamento de Aplicación Docente y la Escuela de Agricultura de General Alvear.